中心组织体系建设作为中心技术创新体系的重要组成部分，是中心正常有效运行的重要保障，也是中心持续健康发展的重要基础。为此自中心成立之初，学院领导就与经验丰富、技术水平高、业务能力强的相关专家共同研究中心组织体系的建设，经过大家的讨论，最终确定中心以主任负责制，下设六个部门，分别是校企合作部、服务培训部、办公室、工程技术部、研究开发部、检验检测部。

中心组织建设以实现中心目的为设置原则。横向结合学院自身的特点，设置以上六个部门确保中心正常运转，此外还设置了食品、药品以及宠护三个教研室负责不同方向的研发与教育工作。纵向从校领导到院领导再到负责部门，实行决策层、管理层、执行层三级管理制度。

决策层：中心实行主任负责制，技术中心主任及专家委员会负责制定和执行中心的技术发展战略，长远发展规划和技术创新、技术改造、技术引进与消化等，同时参与对技术中心发展、选项提供建议，对重大技术问题的解决及项目的进展情况进行技术指导、咨询和评估。

管理层：各部门及教研室负责人分别负责各类课题的确定、研发、发布、组织申报和项目评审工作，为相关研究课题提供试验、检测和相关信息服务。

执行层：技术中心采取开放运行模式，与产学研合作单位、各类科研院校、兄弟单位等共同开展科技攻关、课题研究等多种形式的合作。由此形成的课题小组、创新团队以及各项目部技术攻关小组等为技术中心执行层。